Dopo la caduta dell'Impero Romano e la conquista dei Visigoti, una sede episcopale fu creata sulla penisola. I Saraceni e i Franchi si contendono questa terra nel corso dei secoli successivi. La cattedrale rinasce nell'XI secolo per volontà del vescovo Arnaud. Questi fa costruire una cinta di fortificazioni e un ponte fino a Villeneuve les Maguelone.
Proprietà della Chiesa romana, è ripetutamente utilizzata come terra di asilo per sacerdoti in fuga da Roma e dall'Italia. Nel 1536, la sede episcopale viene trasferita a Montpellier.
Diventa quindi rifugio delle truppe protestanti.
Nel 1632 Richelieu ottiene dal re l'ordine di distruggere la fortezza medievale "in modo che i faceti non possano avvalersi di questo sito per turbare l'ordine pubblico". Viene raccomandato di non "toccare la chiesa
e l'alloggio di detto castello”.
Dopo lo smantellamento delle fortificazioni e il livellamento delle torri, non resta altro che la cattedrale mutilata e un modesto edificio che consente al sacerdote di garantire un servizio religioso. Le ultime sezioni di pareti e pietre angolari provenienti dalle demolizioni vengono impiegate nella costruzione delle rive del Canal du Rhône a Sète.
Dopo diversi secoli di silenzio e letargia,
Maguelone rinasce ritrovando la sua vocazione millenaria di terra accogliente e ospitale. Dal 1969, l'associazione "Les Compagnons de Maguelone" è responsabile del sito. La sua missione consiste, in particolare, nel mantenere, ripristinare e migliorare la cattedrale antica e il suo parco, continuare con le ricerche archeologiche, accogliere i visitatori
e assicurare l’animazione del sito.
Un festival di musica antica si svolge ogni anno nel mese di giugno.